Đối với hành khách nhập cảnh, Cục HKVN đề xuất Bộ GTVT báo cáo Thủ tướng Chính phủ giao nội dung này cho Bộ Công an, Bộ Ngoại giao đưa vào quá trình xem xét cấp thị thực nhập cảnh Việt Nam. Các hãng hàng không Việt Nam và nước ngoài chỉ xem xét làm thủ tục hàng không cho hành khách có thị thực nhập cảnh Việt Nam do các cơ quan chức năng cấp.

Đối với các hãng hàng không vận chuyển khách vào Việt Nam, trên cơ sở thực hiện theo chỉ đạo của Bộ GTVT và dựa trên kinh nghiệm của một số nước, Cục HKVN đã xây dựng quy trình tiếp nhận khách trên các chuyến bay quốc tế vào Việt Nam.

Trong quá trình đặt chỗ, bán vé, hãng hàng không chỉ đặt chỗ, bán vé cho hành khách khi cung cấp đầy đủ các thông tin (tên, số điện thoại liên lạc của cá nhân  khi ở Việt Nam; địa chỉ, số điện thoại liên hệ cơ sở cách ly tại Việt Nam; số điện thoại của tổ chức đón khách tại cảng hàng không).

Trong quá trình làm thủ tục hành khách (check-in), hãng hàng không yêu cầu hành khách xuất trình và kiểm tra hộ chiếu, thị thực nhập cảnh và các giấy tờ tương đương; giấy xác nhận âm tính với SARS-CoV-2 theo phương pháp realtime PCR trong vòng 03 ngày trước khi lên máy bay (giấy này phải được cơ quan đại diện ngoại giao của Việt Nam tại địa bàn xác nhận); các tài liệu xác nhận việc được chấp nhận ở các cơ sở cách ly theo quy định (nhà công vụ của cơ quan đại diện ngoại giao, nhà máy, trụ sở doanh nghiệp hoặc khách sạn, cơ sở lưu trú, cơ sở cách ly tập trung do quân đội quản lý); thông tin của tổ chức đón khách tại cảng hàng không.

Trong quá trình làm thủ tục lên tàu bay (boarding), hãng hàng không yêu cầu hành khách đeo khẩu trang trên tàu bay; yêu cầu cài đặt ứng dụng di động “Vietnam Health Declaration”, “Bluezone” và thực hiện khai báo y tế điện tử bắt buộc; đo thân nhiệt hành khách trước khi lên máy bay và từ chối vận chuyển đối với khách có thân nhiệt vượt quá 37,5 độ C.